Changes between Initial Version and Version 1 of BIOS_SampleBlacklist2


Ignore:
Timestamp:
Sep 19, 2016 5:03:42 PM (8 years ago)
Author:
jamverlouw
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • BIOS_SampleBlacklist2

    v1 v1  
     1== List of flagged samples run 1 ==
     2Author: Peter-Bram 't Hoen[[BR]] Date: 5-February-2014[[BR]]
     3
     4There are three fields in the metadatabase to flag samples that should not be used in the final analysis: QC of the sequencing, genotype concordance and contamination. Here we report the final list of samples which are flagged in the metadatabase.[[BR]]
     5
     6== QC flag ==
     7These three samples are flagged because of too low number of reads:[[BR]] Too few reads:[[BR]] AC1JV9ACXX-1-10[[BR]] AD1NE2ACXX-5-22[[BR]] BD1NW4ACXX-3-27[[BR]] [[BR]] Other reasons: See http://www.bbmriwiki.nl/wiki/FgQualityControl/FgQualityControlRun1 [[BR]] BD1NYRACXX-6-10 too low percentage of mapped reads, outlier on principal component 1,4,5,6[[BR]] AD2CJPACXX-8-9 low exon correlation, outlier on principal component 1,11,14[[BR]] BD1NR9ACXX-7-27 low percentage of mapped reads, outlier on principal component 4, likely degraded[[BR]]
     8
     9== Genotype concordance ==
     10This is the list of the samples from the different cohorts that have a mismatch between RNA and DNA genotypes that could not be corrected since there is no additional lab evidence suggesting a sample swap. For more information, see http://www.bbmriwiki.nl/wiki/FgSampleBlacklist [[BR]] '''CODAM:'''[[BR]] AD10W1ACXX-5-18[[BR]] AD10W1ACXX-8-11[[BR]] '''LL:'''[[BR]] AC1C40ACXX-4-4[[BR]] AD1GWFACXX-4-15 [[BR]] '''RS:'''[[BR]] AD1NNNACXX-4-18[[BR]] AC1JV9ACXX-1-13[[BR]] BC1JTJACXX-6-7[[BR]] BC1KAVACXX-8-13[[BR]] '''LLS:'''[[BR]] BD1NW4ACXX-7-13[[BR]]BD1NYRACXX-2-27[[BR]]BC1KBKACXX-5-8[[BR]]AD1NAMACXX-7-19[[BR]]BC1KBKACXX-5-6[[BR]]AD2DATACXX-8-1[[BR]]BD2D5MACXX-4-15[[BR]]BD2D5MACXX-3-7[[BR]]AD2DATACXX-3-21[[BR]]AD2DATACXX-4-5[[BR]]AD1NFNACXX-8-25[[BR]]BD24PGACXX-7-8[[BR]]BD2CPRACXX-1-12[[BR]]AD2DATACXX-3-22[[BR]]BD24PGACXX-7-10[[BR]]BD2CPRACXX-1-21[[BR]]BC1KBKACXX-5-3[[BR]]AD1NFNACXX-8-27[[BR]]BD24PGACXX-8-25[[BR]]BC1KBKACXX-5-7[[BR]]BD24PGACXX-6-12[[BR]]BD1NW4ACXX-8-5[[BR]]BC1KBKACXX-3-12[[BR]]BC1KBKACXX-5-1[[BR]]AD2CJPACXX-6-9[[BR]]BD1NYRACXX-2-16[[BR]]AD2CJPACXX-5-1[[BR]]AD1NE2ACXX-4-22[[BR]]BC1KBKACXX-5-2[[BR]]BC1KBKACXX-5-5[[BR]]BD1NYRACXX-3-1[[BR]]BD2D5MACXX-2-25[[BR]]BD1NYRACXX-4-19[[BR]]AD1NFNACXX-4-8[[BR]]BD1NYRACXX-2-15[[BR]]BC1KBKACXX-5-4[[BR]]AD1NFNACXX-5-15[[BR]]
     11
     12== Contaminations ==
     13No contaminations have been detected for CODAM, RS, LL. Only outlier samles in heterozygosity rates have already been spotted as mixups. See: http://www.bbmriwiki.nl/wiki/FgSampleBlacklist [[BR]] The list of LLS samples that have high heterozygosity rate based on genotypes called from RNAseq data (all of them have low genotype concordance - see the list above):[[BR]] BD1NYRACXX-2-27[[BR]]BC1KBKACXX-5-8[[BR]]BC1KBKACXX-5-6[[BR]]BD24PGACXX-7-10[[BR]]BC1KBKACXX-5-3[[BR]]BC1KBKACXX-5-7[[BR]]BD1NW4ACXX-8-5[[BR]]BC1KBKACXX-5-1[[BR]]BD1NYRACXX-2-16[[BR]]AD1NE2ACXX-4-22[[BR]]BC1KBKACXX-5-2[[BR]]BC1KBKACXX-5-5[[BR]]BD1NYRACXX-3-1[[BR]]BD1NYRACXX-4-19[[BR]]AD1NFNACXX-4-8[[BR]]BC1KBKACXX-5-4[[BR]]AD1NFNACXX-5-15
     14
     15== Overview RNAseq data April 14th 2014 ==
     16
     17
     18
     19{{{
     20#!html
     21        <META HTTP-EQUIV="CONTENT-TYPE" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
     22        <TITLE></TITLE>
     23        <META NAME="GENERATOR" CONTENT="LibreOffice 3.5  (Linux)">
     24        <META NAME="CREATED" CONTENT="20140410;9502800">
     25        <META NAME="CHANGED" CONTENT="20140414;10193600">
     26        <META NAME="Info 1" CONTENT="">
     27        <META NAME="Info 2" CONTENT="">
     28        <META NAME="Info 3" CONTENT="">
     29        <META NAME="Info 4" CONTENT="">
     30        <STYLE TYPE="text/css">
     31        <!--
     32                @page { margin: 0.79in }
     33                P { margin-bottom: 0.08in; direction: ltr; color: #00000a; widows: 0; orphans: 0 }
     34                P.western { font-family: "Liberation Serif", serif; font-size: 12pt; so-language: en-US }
     35                P.cjk { font-family: "WenQuanYi Micro Hei"; font-size: 12pt; so-language: zh-CN }
     36                P.ctl { font-family: "Lohit Hindi"; font-size: 12pt; so-language: hi-IN }
     37                TD P { margin-bottom: 0in; direction: ltr; color: #00000a; widows: 0; orphans: 0 }
     38                TD P.western { font-family: "Liberation Serif", serif; font-size: 12pt; so-language: en-US }
     39                TD P.cjk { font-family: "WenQuanYi Micro Hei"; font-size: 12pt; so-language: zh-CN }
     40                TD P.ctl { font-family: "Lohit Hindi"; font-size: 12pt; so-language: hi-IN }
     41        -->
     42        </STYLE>
     43
     44<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in">Table I: Overview of
     45the RNAseq data.</P>
     46<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     47</P>
     48<TABLE WIDTH=665 CELLPADDING=7 CELLSPACING=0>
     49        <COL WIDTH=119>
     50        <COL WIDTH=119>
     51        <COL WIDTH=119>
     52        <COL WIDTH=119>
     53        <COL WIDTH=120>
     54        <TBODY>
     55                <TR VALIGN=TOP>
     56                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     57                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Biobank</P>
     58                        </TD>
     59                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     60                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Person Id</P>
     61                        </TD>
     62                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     63                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>RNAseq run Id</P>
     64                        </TD>
     65                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     66                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Data part of
     67                                </P>
     68                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>RP3<SUP>1</SUP></P>
     69                        </TD>
     70                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     71                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Passed QC</P>
     72                        </TD>
     73                </TR>
     74        </TBODY>
     75        <TBODY>
     76                <TR VALIGN=TOP>
     77                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     78                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>CODAM</P>
     79                        </TD>
     80                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     81                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>192</P>
     82                        </TD>
     83                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     84                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>191</P>
     85                        </TD>
     86                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     87                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>191</P>
     88                        </TD>
     89                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     90                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>188</P>
     91                        </TD>
     92                </TR>
     93                <TR VALIGN=TOP>
     94                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     95                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>LL</P>
     96                        </TD>
     97                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     98                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>761</P>
     99                        </TD>
     100                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     101                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>630</P>
     102                        </TD>
     103                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     104                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>630</P>
     105                        </TD>
     106                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     107                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>628</P>
     108                        </TD>
     109                </TR>
     110                <TR VALIGN=TOP>
     111                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     112                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>LLS</P>
     113                        </TD>
     114                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     115                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>821</P>
     116                        </TD>
     117                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     118                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>720</P>
     119                        </TD>
     120                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     121                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>697(23)<SUP>2</SUP></P>
     122                        </TD>
     123                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     124                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>664</P>
     125                        </TD>
     126                </TR>
     127                <TR VALIGN=TOP>
     128                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     129                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>NTR</P>
     130                        </TD>
     131                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     132                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>3300</P>
     133                        </TD>
     134                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     135                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     136                        </TD>
     137                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     138                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     139                        </TD>
     140                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     141                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     142                        </TD>
     143                </TR>
     144                <TR VALIGN=TOP>
     145                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     146                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>RS</P>
     147                        </TD>
     148                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     149                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>768</P>
     150                        </TD>
     151                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     152                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>658</P>
     153                        </TD>
     154                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     155                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>658</P>
     156                        </TD>
     157                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     158                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>652</P>
     159                        </TD>
     160                </TR>
     161        </TBODY>
     162        <TBODY>
     163                <TR VALIGN=TOP>
     164                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     165                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>Total:</B></P>
     166                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><BR>
     167                                </P>
     168                        </TD>
     169                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     170                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>5842</B></P>
     171                        </TD>
     172                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     173                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>2199</B></P>
     174                        </TD>
     175                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     176                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>2176</B></P>
     177                        </TD>
     178                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     179                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>2132</B></P>
     180                        </TD>
     181                </TR>
     182        </TBODY>
     183</TABLE>
     184<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><SUP>1</SUP><FONT SIZE=3>All
     185these samples are also part of the data freeze 1. </FONT><SUP>2</SUP>23
     186samples are not part of RP3.</P>
     187<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     188</P>
     189<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in">There are 29 merged
     190runs in the passed qc rnaseq data:  2 for CODAM, 17 for LL, 4 for LLS
     191and 6 for RS.</P>
     192<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     193</P>
     194<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in">Table II: Detail of
     195samples that did not passed quality control.</P>
     196<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     197</P>
     198<TABLE WIDTH=665 CELLPADDING=7 CELLSPACING=0>
     199        <COL WIDTH=119>
     200        <COL WIDTH=119>
     201        <COL WIDTH=119>
     202        <COL WIDTH=119>
     203        <COL WIDTH=120>
     204        <TBODY>
     205                <TR VALIGN=TOP>
     206                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     207                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Biobank</P>
     208                        </TD>
     209                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     210                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Not Passed QC</P>
     211                        </TD>
     212                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     213                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Bad quality</P>
     214                        </TD>
     215                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     216                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Genotype Discordance</P>
     217                        </TD>
     218                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     219                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Contaminated</P>
     220                        </TD>
     221                </TR>
     222        </TBODY>
     223        <TBODY>
     224                <TR VALIGN=TOP>
     225                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     226                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>CODAM</P>
     227                        </TD>
     228                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     229                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>3</P>
     230                        </TD>
     231                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     232                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>1</P>
     233                        </TD>
     234                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     235                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>2</P>
     236                        </TD>
     237                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     238                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     239                        </TD>
     240                </TR>
     241                <TR VALIGN=TOP>
     242                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     243                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>LL</P>
     244                        </TD>
     245                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     246                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>2</P>
     247                        </TD>
     248                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     249                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     250                        </TD>
     251                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     252                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>2</P>
     253                        </TD>
     254                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     255                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     256                        </TD>
     257                </TR>
     258                <TR VALIGN=TOP>
     259                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     260                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>LLS</P>
     261                        </TD>
     262                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     263                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>34<SUP>1</SUP></P>
     264                        </TD>
     265                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     266                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>3</P>
     267                        </TD>
     268                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     269                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>32<SUP>2</SUP></P>
     270                        </TD>
     271                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     272                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>17</P>
     273                        </TD>
     274                </TR>
     275                <TR VALIGN=TOP>
     276                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     277                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>RS</P>
     278                        </TD>
     279                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     280                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>6</P>
     281                        </TD>
     282                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     283                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>2</P>
     284                        </TD>
     285                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     286                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>4</P>
     287                        </TD>
     288                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     289                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     290                        </TD>
     291                </TR>
     292        </TBODY>
     293        <TBODY>
     294                <TR VALIGN=TOP>
     295                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     296                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>Total:</B></P>
     297                        </TD>
     298                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     299                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>45</B></P>
     300                        </TD>
     301                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     302                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>6</B></P>
     303                        </TD>
     304                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     305                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>40</B></P>
     306                        </TD>
     307                        <TD WIDTH=120 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     308                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>17</B></P>
     309                        </TD>
     310                </TR>
     311        </TBODY>
     312</TABLE>
     313<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     314</P>
     315<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><FONT SIZE=3>1One
     316sample not part of RP3. </FONT><SUP><FONT SIZE=3>2</FONT></SUP><FONT SIZE=3>Three
     317LLS swaps identified by MixupMapper have been corrected. Additional
     318evidence confirmed that these LLS samples were indeed swapped. These
     319six samples are not included in the Genotype Discordance counts for
     320LLS. </FONT>
     321</P>
     322<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     323</P>
     324<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in">Table III: Overview
     325genotype data (GoNL version 5 imputed)</P>
     326<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><BR>
     327</P>
     328<TABLE WIDTH=665 CELLPADDING=7 CELLSPACING=0>
     329        <COL WIDTH=119>
     330        <COL WIDTH=119>
     331        <COL WIDTH=119>
     332        <COL WIDTH=252>
     333        <TBODY>
     334                <TR VALIGN=TOP>
     335                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     336                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Biobank</P>
     337                        </TD>
     338                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     339                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Person Id</P>
     340                        </TD>
     341                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     342                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>Genotype<SUP>1</SUP></P>
     343                        </TD>
     344                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     345                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><FONT SIZE=3>Overlapping with
     346                                Passed QC</FONT></P>
     347                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><FONT SIZE=3>RNAseq data</FONT></P>
     348                        </TD>
     349                </TR>
     350        </TBODY>
     351        <TBODY>
     352                <TR VALIGN=TOP>
     353                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     354                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>CODAM</P>
     355                        </TD>
     356                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     357                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>192</P>
     358                        </TD>
     359                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     360                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>188 (4)<SUP>2</SUP></P>
     361                        </TD>
     362                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     363                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>184 (4)<SUP>3</SUP></P>
     364                        </TD>
     365                </TR>
     366                <TR VALIGN=TOP>
     367                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     368                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>LL</P>
     369                        </TD>
     370                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     371                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>761</P>
     372                        </TD>
     373                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     374                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>756 (5)</P>
     375                        </TD>
     376                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     377                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>626 (2)<SUP>4</SUP></P>
     378                        </TD>
     379                </TR>
     380                <TR VALIGN=TOP>
     381                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     382                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>LLS</P>
     383                        </TD>
     384                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     385                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>821</P>
     386                        </TD>
     387                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     388                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>765 (56)</P>
     389                        </TD>
     390                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     391                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>654 (10)<SUP>5</SUP></P>
     392                        </TD>
     393                </TR>
     394                <TR VALIGN=TOP>
     395                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     396                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>NTR</P>
     397                        </TD>
     398                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     399                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>3300</P>
     400                        </TD>
     401                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     402                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>1886 (1414)</P>
     403                        </TD>
     404                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     405                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>-</P>
     406                        </TD>
     407                </TR>
     408                <TR VALIGN=TOP>
     409                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     410                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>RS</P>
     411                        </TD>
     412                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     413                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>768</P>
     414                        </TD>
     415                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     416                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>768</P>
     417                        </TD>
     418                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border: none; padding: 0in">
     419                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER>652</P>
     420                        </TD>
     421                </TR>
     422        </TBODY>
     423        <TBODY>
     424                <TR VALIGN=TOP>
     425                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     426                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>Total:</B></P>
     427                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><BR>
     428                                </P>
     429                        </TD>
     430                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     431                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>5842</B></P>
     432                        </TD>
     433                        <TD WIDTH=119 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     434                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>4363 (1479) </B>
     435                                </P>
     436                        </TD>
     437                        <TD WIDTH=252 BGCOLOR="#ffffff" STYLE="border-top: 1px solid #000001; border-bottom: 1px solid #000001; border-left: none; border-right: none; padding: 0in">
     438                                <P CLASS="western" ALIGN=CENTER><B>2116 (16)</B></P>
     439                        </TD>
     440                </TR>
     441        </TBODY>
     442</TABLE>
     443<P CLASS="western" STYLE="margin-bottom: 0in"><SUP>1</SUP><FONT SIZE=3>Genotype
     444information was extracted from the biobank genotype sample
     445information files GoNL version 5 imputed data, directly extracted
     446from the SRM. </FONT><SUP>2</SUP><FONT SIZE=3>Numbers between
     447brackets indicated the differences between number of person ids and
     448genotype data available. </FONT><SUP>3</SUP><FONT SIZE=3>Missing
     449genotypes for:  CODAM-2037, CODAM-2074, CODAM-2175 and CODAM-2555.
     450</FONT><SUP>4</SUP><FONT SIZE=3>Missing genotypes for: LL-LLDeep_0127
     451and LL-LLDeep_0519. </FONT><SUP>5</SUP>These 10 samples are GoNL
     452samples for which no genotype data was provided.</P>
     453}}}
     454
     455
     456
     457=== LLS update ===
     458For LLS the detected sample swaps were swapped back. The mixup mapper and genotype concordance check performed using the final sample sheets show no mixups and no strong outliers.